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蛋白组学和免疫组学

日期:2014-04-10 00:00:00

如果把免疫组和蛋白组比,是否是蛋白组更直接?组学,始于基因组(genomic), 后来有了蛋白组,代谢组,表型组等,大家又做了免疫组。所有这些所谓的组学都有一个共同的特点,就是用高通量的方法产生大数据。另外,所有这些组学的目的也都是在寻找更好的诊断和治疗的方法。

那么,蛋白组是否比免疫组更直接?

假设大家是在研究一个肿瘤,与这个肿瘤相关的有那么几个特异性的抗原(内源性的,或者外源性的高分子,或者蛋白),按理说,直接研究蛋白质是了解这些抗原的最佳手段,也是最直接的方法。问题是,现在的蛋白组学方法是否特异性足够强?敏感性足够好?观察得足够全面?可重复性很好?临床标本很好取?信噪比很明显?实验方法很简单?速度很快?价格很便宜?

内源性的肿瘤相关抗原很可能是正常组织的一部分,只是表达的量,时间,空间有所不同。如果是那样,对蛋白组学的分辨率就要求很高。

免疫组学所要寻找的生物标记物不是蛋白本身,而是肌体免疫系统对在错误的时间,错误的地点,出现的错误的抗原所产生的特异性反应。免疫系统的功能,就是及时发现体内的各种异常,并通过免疫学机制控制异常。免疫系统就是一个高度敏感的“疾病感应器”,通过特异性的T细胞受体感应疾病特异性的抗原。

所以,虽然免疫组学没有蛋白组学那么直接,但是它可能更敏感,特异性也更强。另外,蛋白组学将来的临床应用也很受限,因为所需要的疾病特异性标本可以是人体各个部位的不同组织,标本处理方式和手段都不同。而免疫组学就是取外周血,试验手段和方法单一。

严格地说,免疫组学也是蛋白组学的一种,因为大家感兴趣的就是免疫蛋白(T细胞受体,和抗体)。不过大家的手段不是通过质谱仪分析氨基酸,而是通过高通量测序来间接地得到氨基酸序列。